乡级医院住院：患者凭户口簿或身份证和合作医疗证到乡镇卫生院就诊→由诊治医师开据诊断证明卫生院新合办盖章确认→患者户口所在的乡镇新合办开据就诊通知书（自住院之日起及时就诊通知书）→将就诊通知书交卫生院新合办→出院时现场垫付直报。
    区级医院住院：患者凭户口簿或身份证和合作医疗证到区级定点医疗机构就诊→由诊治医师开据诊断证明区级医院新合办盖章确认→患者户口所在乡镇新合办开据就诊通知书（自住院之日起及时就诊通知书）→将就诊通知书交区级医院新合办→出院时现场垫付直报。
    区内市级医院住院：患者凭户口簿或身份证和合作医疗证到市级定点医疗机构就诊→由诊治医师开据诊断证明→患者持诊断证明到区新农合办公室办理网上转诊手续（自住院之日起及时办理）→出院时现场垫付直报。
    区外各级医疗机构住院：在区外医疗就医的患者出院后，30日内带合作医疗证、户口簿和身份证、住院发票、出院证明、费用清单、病历复印件到户口所在乡镇新合办及时统一办理报销手续。
    优化补偿方案，充分发挥基金效益。根据省、市深化医药卫生体制改革的总体要求和天水市人民政府办公室《关于印发天水市新型农村合作医疗实际统筹实施意见的通知》（天政办发〔2012〕52号）等文件精神，结合我区新农合运行实际，对新农合住院补偿方案进行了调整，调整后的方案乡镇卫生院起付线100元，报销比例为85%；
    区级医院起付线300元，报销比例为75%；
    市级起付线为800元，报销比例为65%；
    省级起付线为3000元，报销比例为60%；
    个人年度补偿封顶线由5万元提高到8万元；
    特殊人群在定点医疗机构住院实行零起付线，报销比例上浮20%；
    将9类残疾人康复项目纳入新农合支付诊疗范围；
    将儿童先心病和白血病，乳腺癌，宫颈癌，终末期肾病，重症精神病，耐多药肺结核，先天性耳聋8种重大疾病按照定额住院费用的70%予以定额补偿，且不计入患者当年新农合封顶线计算基数。